漆黑的魅影5.0EX分为DP版和BW版。DP指的是第四时代，即一开始的御三家为小火猴，嫩苗龟和波加曼；BW指的是第五时代，即一开始的御三家为暖暖猪，傲娇蛇和水水獭；两个版本只有开始的御三家不同，其余内容都是一样的。进入第三周目的方法：首先要通关一周目（打败现世界联盟四天王冠军）二周目（打败梦世界联盟四天玩冠军），然后到水静市最上方的魅影摩天楼，击败所有地区的馆主和天王，出摩天楼后遇到艾沃利，与他对战艾沃利精灵：Lv.60 闪光路卡利欧 、Lv.58 3D龙Z、Lv.58波克基斯、Lv.58焚翼蛾，胜利后得到天界之笛，之后就能够进入第三个世界挑战人格代码了。