吉林大学药学院前身为原白求恩医科大学药学院，始创于1998年，是应社会对药学专业人才的大量需求，由著名的天然药物化学家徐景达教授等一批著名的科学家和教育学家积极倡导并参与下创办的，同年开始招收药学专业本科生。随医学、药学及生物学的发展，形成了新的交叉学科和新的尖端科技,为适应21世纪生命科学的发展，1999年在生物化学家杨同书教授等著名的科学家积极倡导下，原白求恩医科大学申请开办了国际领先的热门专业生物工程本科专业。

药学院培养人才的层次较多，有大学本科生、硕士研究生、博士研究生、成人教育本科生及专科生等，同时招收在职攻读学位各类研究生，包括以研究生毕业同等学力在职申请硕士学位、生物工程专业学位研究生、制药工程专业学位研究生、高校教师培训计划等。