极性蛋白质中每种氨基酸具有特定的R侧链，它决定着氨基酸的物理化学性质。根据侧链的极性不同可将氨基酸分成四类：

1.具有非极性或疏水性侧链的氨基酸，在水中的溶解度较极性氨基酸小，其疏水程度随着脂肪族侧链的长度增加而增大。

2.带有极性，无电荷侧链的氨基酸含有中性，极性基团能够与适合的分子例如水形成氢键。

3.带正电荷侧链的氨基酸包括赖氨酸，精氨酸和组氨酸。

4.带有负电荷侧链的氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。由于侧链为羧基，在中性pH条件下带一个净负电荷。