正常菌群是正常人体的体表及与外界相通的腔道中，存在不同种类和数量微生物。在正常情况下，这些微生物对人类无害。生活在健康的人或动物各部位、数量大、种类较稳定、一般能发挥有益作用的微生物种群。这些细菌，有些只作暂时停留。而有些由于与人类长期相互适应以后，形成伴随终生的共生关系。生物体内多数组织器官都是无菌的，正常菌群中的细菌偶尔少量侵入这些部位是能被机体的自身免疫所应付的。但如果正常菌群与宿主间或正常菌群各菌种间的平衡被打破，就会出现菌群失调，致病作用就会显著，严重者引起二重感染。这种状况往往是由于长期大量使用抗生素、免疫抑制剂等外来因素引起。