故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成人都是学生们，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为5级，从无能力到超能力。故事的主人公上条当麻是学园里的一个零能力者。但并非完全没有能力，而是他是能力是能够将一切异能的效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着不幸的生活。 某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位从天而降的全白装束的修女，这位少女自称自己的名字叫“禁书目录”（Index），并是从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔术师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙世界，开始了守护少女的战斗。