1.同一导师的专业硕士和学术硕士的专业课是在一起上的，就是混在一起同一时间同一教室同一个老师上课；

2.而比如英语、政治等公共课由于上课人数多、开课教室也多从而可能导致个人选课时间不同而不在一起上课；

3.如果导师对专业硕士和学术硕士有不同的要求并分配不同的研究方向时，学生也会根据导师的要求有侧重点的选择一些对自己研究方向有帮助的课程，这也会导致其专业硕士和学术硕士不在一起上课。

另外，这是一般情况下同一个导师的专业硕士和学术硕士的上课情况，而具体的上课安排则要参考具体的学校政策、规定等情况。