胚的影响：

银杏、人参等的种子采收时外部形态已近成熟，但胚尚未分化完全，仍需从胚乳中吸收养料，继续分化发育，直至完全成熟才能发芽；

种皮的影响：

主要是由种皮构造所引起的透性不良和机械阻力的影响，有的是种皮因具有栅状组织和果胶层而不透水，导致吸水困难，阻碍萌发，有的种皮虽可透水，但气体不易通过或透性甚低，因而阻碍了种子内的有氧代谢，使胚得不到营养而不能萌发，有些硬实种子则是由于坚厚种皮的机械阻力，使胚芽不能穿过而阻止萌发；

抑制物质的影响：

有些种子不能萌发是由于种子或果实内含有萌发抑制剂，其化学成分因植物而异，如挥发油、生物碱、激素、氨、酚、醛等都有抑制种子萌发的作用。