1.催化功能：有催化功能的蛋白质称酶，生物体新陈代谢的全部化学反应都是由酶催化来完成的。

2.运动功能：例如肌肉的松弛与收缩主要是由以肌球蛋白为主要成分的粗丝以及以肌动蛋白为主要成分的细丝相互滑动来完成的。

3.运输功能：在生命活动过程中，许多小分子及离子的运输是由各种专一的蛋白质来完成的。例如红细胞中的血红蛋白运送氧气和二氧化碳等。

4.免疫和防御功能：物体为了维持自身的生存，拥有多种类型的防御手段。例如抗体即是一类高度专一的蛋白质 ， 它能识别和结合侵入生物体的外来物质，如异体蛋白质、病毒和细菌等，取消其有害作用。

5.调节功能：在维持生物体正常的生命活动中，代谢机能的调节，生长发育和分化的控制等过程中，多肽和蛋白质激素起着极为重要的作用。此外，尚有接受和传递调节信息的蛋白质，如各种激素的受体蛋白等。