隧道的通风方式较为特殊。一般情况，从经济的角度，山岭隧道采用全射流纵向通风方式，即通过隧道顶部的通风机实现通风，而通风量和风速与隧道长度成正相关，隧道加长，势必导致通风机功率过高，增加运营成本。其次，风速太快，对行车影响很大，并且噪声很大。因此长山岭隧道一般采用竖井纵向通风方式，即在隧道沿线修建竖井并设置通风机房，相当于将长隧道分成若干短隧道进行通风。这样有利于行车安全，并且有效降低隧道中污染物浓度。

理想的通风方式是横向通风，即沿线设置通风管道，并且沿线布置通风口和进风口，由隧道两端将空气送入和废气排出，但这种方式修建成本高，并受地形影响，以目前的工艺，尚有难度。