荧光定量PCR引物的具体设计要求:
1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。最好位于编码区5端的300至400bp区域内。
2. 产物不能形成二级结构。
3.引物长度一般在17至25碱基之间,上下游引物不能相差太大。
4.G、C的含量在百分之四十至六十之间。
5.碱基要随机分布,尽量均匀。
6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。
7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。
8.引物3端不可修饰,而且要避开AT、GC的区域。
9.引物3端要避开密码子的第3位。
10.做荧光定量产物长度80至150bp最好,最长是300bp。
11.引物设计避免DNA污染,最好跨外显子接头区。
12.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于百分之七十或者有8个互补碱基同源。
13.查看有无假基因的存在。假基因就是无功能的DNA序列,与需要扩增的目的片段长度相似。
14.TM值在58至62度之间。
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