电泳染色方法有溴化乙锭染色法、吖啶橙染色法、银试剂染色法、亚甲蓝染色法。

1.溴化乙锭：最常用的核酸荧光染料，可嵌入核酸双链的配对碱基之间，在紫外线激发下，发出桔红色荧光。染色可在电泳过程中进行，能随时观察核酸的迁移情况。

2.吖啶橙：吖啶橙可嵌入双链核酸碱基对之间，在254纳米紫外线激发下发出530纳米的绿色荧光，还通过静电与单链核酸的磷酸基结合，在254纳米紫外线激发下产生640纳米的红色荧光，因此可区分单链和双链核酸。

3.银试剂：银离子与核酸形成稳定复合物，然后用甲醛使银离子还原成银颗粒。硝酸银等试剂可使聚丙烯酰胺凝胶上的单链，双链DNA及RNA都染成黑褐色。银染法的灵敏度比EB染色高200倍左右，比亚甲蓝染色高100~1000倍。

4.亚甲蓝：可将RNA染成蓝色，但灵敏度不高，而且操作时间长。