司法机关独立行使职权是指参与司法活动的各个国家机关应分工负责，依法独立行使各自的职权；司法机关依法、行使检察权、审理、裁判案件，不受任何行政机关、组织和个人干涉；司法机关作为一个组织整体，集体对审判权、检察权的行使负责。司法机关依法独立行使职权”原则的基本涵义有三：

1.司法权的专属性，即并非所有国家机关均有权行使司法权，除国家各级审判机关和检察机关外，其他任何机关，团体和个人都无权行使该项权力；

2.行使职权的独立性，即人民法院、人民检察院依照法律行使自己的职权，不受任何机关、团体和个人以任何形式的干预；

3.行使职权的合法性，司法机关及其工作人员在适用法律时必须严格按照法律规定，正确适用法律，不得滥用职权，枉法裁判。