南京在江苏的地位尴尬的原因有以下几点：

南京的位置更靠近内陆，辐射面带动了安徽西南部的一大片地区，反而跟省内的联系变得更加短缺；江苏省的整体发展比较均衡，例如苏州市、无锡市、常州市等城市，包括苏北的徐州市经济发展都十分发达，并没有很落伍，且只有一两个核心城市的局面；南京人的气质比较朴实大气，厚道不排外，并且不看重虚头巴脑的排名地位，而苏州无锡地区的人更喜欢跟随着上海的经济发展，反而对于南京的交流和联系变得更加琐碎和短缺了，导致最后出现的大内斗省事件。

因此，以上就是南京在江苏处于尴尬的地位的具体原因所在。