郑州大学研究生院在新校区，即郑州市高新区科学大道上。郑州大学研究生院正式成立于2004年，录取硕士生2093人，博士生133人。2007年全校各类研究生8500余人，其中全日制在校研究生5061人，各种在职专业硕士学位学生1000余人，50多个专业申请硕士学位学生2400余人，在校研究生数量明显增加。学校8个一级学科博士点，81个二级学科博士点。另有1个专业博士学位点，17个博士后科研流动站。17个一级学科博士学位授权点分别是：历史学、物理学、化学、材料科学与工程、水利工程、化学工程与技术、基础医学、临床医学、法学、马克思主义理论、数学、力学、信息与通信工程、控制科学与工程、土木工程、公共卫生与预防医学、公共管理。4个二级学科博士授权点分别是：中国古典文献学、化工过程机械、计算机软件与理论、药物化学。