1.结婚后分居三年了,我想离婚,该怎么办

双方可以协议离婚，协议不成的，可以诉至法院要求离婚。

婚姻法

第三十二条 男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。

有下列情形之一的，调解无效的，应准予离婚。

（一） 重婚或者有配偶者与他人同居的；

（二） 实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；

（三） 有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；

（四） 因感情不和分居满二年的；

（五） 其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。

2.夫妻分开三年没有向法院起诉,婚姻会自动取消吗

我国没有分居多久就可以自动离婚的说法，因感情不和分居二年以上的只是属于夫妻感情破裂的一种情形，离婚只有两个途径：

一：夫妻双方到婚姻登记机关办理离婚登记；

二：一方提起诉讼离婚。

《婚姻法》第三十一条 男女双方自愿离婚的，双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。

第三十二条 男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。