肯定会的虽然南水北调有改变我国南涝北旱局面的明显效益，但其负面影响也相当严重，长江入海口的海水倒灌，东线的水体的严重污染，西线的地质安全，有人断言，从总量上来说，其破坏将超过三峡工程。

另外，移民问题，文物问题，血吸虫问题也给它套上沉重的枷锁。

另外，在南水北调中线工程实施前,丹江水库年均下泄流量385亿,而工程实施后,将调走库水95亿立方,约占下泄流量的27%,而仅襄樊段城市直接排入汉江的主要排污口36个每年排入汉江的污水约有35亿立方,再加上襄樊段接纳小清河,唐白河共64.54亿立方超五类水,调水前江水流量大,这些污水可以通过江水自身稀释净化,调水后水流量小,流速减缓,江水自身净化能力减弱,将使汉江污染加剧,造成严重生态灾难,威胁汉江中下游人民生活生产安全,将使汉江成为一条新淮河.而国家对汉江中下游补偿工程--引江济汉等工程也只能解决汉江沙洋段以下中下游县市的问题,而丹江以下沙洋以上的谷城,老河口,襄樊,襄阳,宜城,钟祥等是汉江中游沿岸的重要工农业城市,调水后水质严重恶化将对这些县市人民生活和工农业生产带来无穷后患,这些都要慎重考虑,如何解决这一难题,千万不要使它成为新淮河,造成生态劫难.将来很有可能会出现巴西和巴拉圭合建的伊泰普水电站，那样的情况（人类在瀑布上游建起了水电站，拦河大坝截住了河水，使水流日益减少。

附近的工厂也浪费水资源，再加上人们的乱砍滥伐，使水土大量流失，大瀑布的水流越来越少，现在已经快要枯搞了）。

同时还有，三峡工程将改变库区及长江中下游水生生态系统的结构和功能；一些珍稀、濒危物种的生存条件进一步恶化；对四大家鱼的自然繁殖也会带来不利影响．三峡水库运行后，长江中下游河道出现冲淤变化；对长江中游平原湖区低洼农田土壤潜育化、沼泽化有一定影响；下游河口的海水入侵危害有可能增加。

对上海的影响尤其明显。

．三峡建坝后，库区水面抬高加宽，沿江部分文物古迹将被淹没，三峡自然景观也会收到影响．三峡工程运行后，将导致重庆市江段泥沙淤积、水质下降，现有给排水设施受到影响．三峡工程对局部地质灾害和人群健康等也有一定影响。

这些资料不知道够不够，，我也不专业所以不能给你回答的很全面请见谅