我跟招标代理这个行业打了多年交道，用以下几个要点回答你的问题：
1、工程量清单是招标文件的组成部分，也就是说招标文件包括工程量清单
2、但不是所有招标文件都会有工程量清单，比如招监理的招标文件
3、肯定了招标文件包括工程量清单，但这不能作为清单费是否另外收取的依据
4、招标代理费收取有相关的规定标准，就是你说的1980号文；而清单编制费也有本身的相关收费依据，各地都有相关的文件规定
5、通常清单编制是否另行收费是在甲方和代理签订的合同里面约定的：如招标代理费不包括清单编制的工作内容，那编制了清单就另行收费；如果代理费包含编制清单的内容，就不另行收费
6、综上所述，已经很明显了，如果合同有约定，那么甲方省了一笔费用；如果没有约定，清单编制费也是出的应该的。
但是不论怎样，这个不算乱收费，应该还不值得审计部分来注意的...
应该回答的很全面了吧，希望能帮到你~
陈同林
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