明成祖迁都北京后，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。

南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。

北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。

其实南京六部是不能和北京六部相比拟的．虽然两京六部名称相同，都称吏户礼兵刑工，但是南京的尚书官品和职权都不和帝都北京的尚书们在同一个档次．北京六部尚书可以进入内阁，担当首辅．因此北京六部是帝国的统治中心，而南京六部基本上属于养老院和发配降官的地方，非常没有前途，属于闲职．

南京有全套的政府机构，基本上都是闲职，其中南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务，一般这三个人中以南京兵部尚书为主，算得上比较紧要。

其余南京户部和都察院也有一些职能。