5.0有通关限制的，到了二周目就可以说已经把游戏通完了，前期没有抓到的神兽可以选择完全通关后再去抓，不会对游戏造成影响的。

详细如下

急冻鸟：113号道路寒冰小径右上角，需要怪力术。

闪电鸟：流星瀑布最深处，绿宝石原版拿技能机器02“龙爪”的地方。

火焰鸟：冠军之路2层的右上角。

超梦：二周目，石之洞窟推石进入的洞里，与NPC对话选否获得破坏基因，之后去120号道路沉寂之窟。

梦幻：对战开拓区获得全部7个金象徽后与亚希达对话获得古老的海图，之后坐船去世界边缘。

雷公：新紫堇入口右拐。

炎帝：112号道路热焰小径左上角，需要怪力术。

水君：彩幽市瀑布洞。

洛奇亚：抓完关东三圣鸟后，去116道路的瀑布上的右边洞穴。

凤王：抓完城都三神兽后，去116道路的瀑布上的左边洞穴。

雪拉比：二周目，橙华森林湖中心的森林。

雷吉洛克：激活海底遗迹后111号道路沙漠最南端的沙漠遗迹。

雷吉艾斯：激活海底遗迹后105号水路西北方的小岛横穴。

雷吉斯奇鲁：激活海底遗迹后120号道路的古代坟墓。

海皇牙：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。

古拉顿：同原版，二周目，询问天气研究所2楼的博士。

裂空座：同原版，裂空座平息古拉顿、海皇牙战斗的剧情结束后，天空之柱顶楼。

拉迪亚斯、拉帝欧斯：二周目开始跟妈妈对话，选择的那个全地图随机遇；在水静市灯塔附近的水手处得到船票，之后坐船去南方小岛可捕捉没选的那个。

基拉祈：对战开拓区获得全部7个银象徽后与亚希达对话获得许愿星，之后去绿岭市，调查一块白色岩石。

迪奥西斯：击败坂木、交还4块陨石后，去绿岭市宇航中心2楼的博士处得到船票，之后坐船去诞生岛。

席多蓝恩（炎钢兽）：5.0版被删除。

雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇鲁后的海底遗迹。

迪亚鲁卡：三周目，寝龙镇源初之山顶部的静止之刻。

帕鲁奇亚：三周目，寝龙镇源初之山顶部的断空瀑布。

基拉帝纳：三周目，抓到超梦后到送神火山塔内顶楼，调查白色墓碑到达反转世界，战胜恶系道馆并捕捉盖诺塞克特后在反转世界尽头遇到。

克蕾塞莉娅：三周目，梦源镇右下角房子睡觉。

达克莱伊：三周目，月魇镇左上角房子睡觉。

玛娜菲：三周目光辉之海某处潜水，到深海之殿。

赛伊米：捕获基拉帝纳后的轮回镇一青年处获得冥界之花，再与绿荫镇右下角一女子对话获得感恩之花，最后去二周目缤纷之路的北面的花之海。

阿尔宙斯：捕获迪亚鲁卡，帕鲁奇亚和基拉帝纳，魅影摩天楼全部地区通过后击败艾沃利获得天界之笛，去源初之山顶部创世神殿（身上不得带大师球）。

维库提尼：三周目，红莲之窟最深处。

烈希拉姆：三周目，去沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔左边的现实之间。

捷克罗姆：三周目，去沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔右边的理想之间。

丘雷姆：5.0版被删除。

白色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克罗姆并与阿库罗马交谈后，永冻之窟深处的调和之间。

黑色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克罗姆并与阿库罗马交谈后，浅滩洞穴深处的调和之间。

凯尔迪奥：三周目谅解之路右边的清澈溪流顶部。

盖诺塞克特：反转世界断罪之间，需打败火箭队前研究员。