第一，按照环境保护部《关于〈水污染防治法〉第二十二条有关“其他规避监管的方式排放水污染物”及相关法律责任适用问题的复函》（环函［2008］308号），“在雨污管道分离后利用雨水管道排放废水”应当认定为采用规避监管的方式排放水污染物，并依据《水污染防治法》第七十五条，责令限期拆除，处二万元以上十万元以下的罚款。

按照案情描述，应从重处理。

新环保法实施后，以逃避监管的方式违法排放污染物属于应严厉打击的环境违法行为，可相应启动按日连续处罚、查封扣押、行政拘留等一系列处罚措施。

第二，东坡区环保局因取水沟不方便取样，对其外河水上下游进行了取样监测对比，认为未直接形成其超标排放证据。

根据《水污染防治法》第五十一条，向农田灌溉渠道排放工业废水，应当保证其下游最近的灌溉取水点的水质符合农田灌溉水质标准，因此，应对农灌沟内最近的取水点进行监测，若超过农田灌溉水质标准，则可认定存在超标排放行为。

第三，不正常使用污染物治理设施、污染物超标排放所对应的是两个具有牵连关系的独立的违法行为，这两种违法行为之间不构成包含关系，应当同时适用《水污染防治法》第七十三条和第七十四条，分别罚款并处责令改正、责令限期治理。

限期治理期间，应采用限制生产、限制排放或者停产整治的方式，保证达标排放。