公务员和事业单位工作人员死亡抚恤金执行标准不同的原因是：执行标准文件不同。

1.事业单位的执行标准文件规定 事业单位工作人员和离退休人员死亡一次性抚恤金标准，从2004年10月1日起调整为：因公牺牲为本人生前40个月基本工资或基本离退休费，病故为本人生前20个月基本工资或基本离退休费。烈士的抚恤待遇，按国家有关规定执行。

2.机关单位的执行标准文件规定 《民政部 人力资源和社会保障部财政部关于国家机关工作人员及离退休人员死亡一次性抚恤金发放有关问题的通知》，调整一次性抚恤金标准： 自2004年10月1日起，国家机关工作人员及离退休人员死亡，一次性抚恤金按照以下标准执行：烈士为本人生前80个月基本工资或基本离退休费，因公牺牲为本人生前40个月基本工资或基本离退休费，病故为本人生前20个月基本工资或基本离退休费。