企业所得税和土地增值税两个税种都是以所得额（增值额）为计税依据。房地产企业的企业所得税每年均按开发产品销售收入（或完工前销售收入）减扣除项目后的应纳税所得额征税。土地增值税按收入减扣除项目后的增值额征税。

房地产开发费用准予扣除形式不同。房地产开发企业在计算其企业所得税应纳税所得额的扣除项目时，主要包括成本、费用、税金、损失和其他支出等内容。而土地增值税扣除项目则包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金和加计 20%的扣除等内容。

在土地增值税扣除项目中，与企业所得税不同的地方，表现在房地产开发费用（管理费用、销售费用、财务费用）上，它不是按实际发生数额扣除，而是按一定比例计算扣除（10%以内）。加计扣除部分，也不是按实际发生的成本费用，而是按土地成本和开发成本合计数的20%计算扣除。