它们的区别在于生活水平和土地性质，城中村的生活水平高于棚户区的生活水平，城中村属于城市中的农村，城中村土地性质本身是属于集体土地，而棚户区一般为国有土地。

城中村是中国大陆地区城市化进程中出现的一种特有的现象，狭义上指农村村落在城市化进程中，由于全部或大部分耕地被征用，农民转为居民后仍在原村落居住而演变成的居民区，广义上指在城市高速发展的进程中，滞后于时代发展步伐、游离于现代城市管理之外、生活水平低下的居民区。

棚户区是一种居住区，是指城市建成区范围内、平房密度大、使用年限久、房屋质量差，是指城市建成区仍然存在的、在集体土地上建造的、属于棚户区性质的区域，占地面积一般至少在五万平方米左右，对于棚户区改造，中央政府在财政投入、建设用地、税费和信贷等方面给予支持。