水葫芦的危害如下：

1.限制了水体的流动，水体没有阳光照射，变得发臭，使水体中的溶氧量减少，抑制了浮游生物的生长，破坏了河涌生态环境；

2.为血吸虫和脑炎流感等病菌提供了滋生地，滋生蚊蝇，为蚊子的幼虫提供了呼吸和繁殖的机会；

3.破坏饮水资源，由于造成堵塞，水体不能自由流动，各种污染源如重金属元素及其对人体危害的其它微量元素不能有效清除，人直接或间接吸纳到有污染的水源；

4.凤眼蓝覆盖水面也加大了水的蒸发量，比敞开水面的蒸发量高出8至10倍，造成水源损失；

5.对水源采水点的淡水水质的影响。大量的凤眼蓝覆盖水面会使水的PH值降低，二氧化碳浓度增高，水的嗅值浓度、色度增高，水中的酸度也增加，使水资源的使用价值大大降低，直至不能饮用；

6.凤眼蓝的爆发以及其腐烂阶段同时会大量地消耗水体中的溶解氧，水下动物比如鱼类活动繁殖空间将会减少，甚至会鱼类大量死亡。