1.含义不同：

因公殉职，指在履行职务时牺牲、死亡。因公殉职包含的范围则相对广泛，是指国家公务人员在公职期间因公死亡。

因公牺牲，指为了正义的目的舍弃自己的生命。因公牺牲，就是为保卫或抢救人民生命、国家财产和集体财产慷慨赴死献出生命的行为。在我国，因公牺牲者，按国务院颁发的《烈士褒扬条例》规定，因公牺牲符合第八条规定的情形者，将被评定为烈士。

2.抚恤金额标准不同：

因公殉职的抚恤，按国家事业单位人员工伤死亡政策执行，据《关于工资制度改革后事业单位工作人员死亡一次性抚恤金计发问题的通知》，其中关于死亡一次性抚恤金的发放规定如下： 死亡一次性抚恤金发放标准，因公死亡的，为本人生前20个月工资。

因公牺牲，对因公牺牲的人员家属的抚恤，按照《军人抚恤优待条例》的规定执行。 一次性抚恤是国家按规定一次性发给烈士家属、因公牺牲和病故军人家属、因公牺牲和病故国家机关工作人员及人民警察家属的抚恤。