乙酰辅酶A是能源物质代谢的重要中间代谢产物，在体内能源物质代谢中是一个枢纽性的物质。糖、脂肪、蛋白质三大营养物质通过乙酰辅酶A汇聚成一条共同的代谢通路即三羧酸循环和氧化磷酸化，经过这条通路彻底氧化生成二氧化碳和水，释放能量用以ATP的合成。乙酰辅酶A是合成脂肪酸、酮体等能源物质的前体物质，也是合成胆固醇及其衍生物等生理活性物质的前体物质。

乙酰辅酶A是辅酶A的乙酰化形式，可以看作是活化的乙酸。 基团 与辅酶A的半胱氨酸残基基团相连。这其实是高能键硫酯键。它是脂肪酸的氧化及糖酵解后产生的丙酮酸氧化脱羧的产物。在许多代谢过程中起着关键的作用。