商君之法太过刻薄寡恩，设连坐之法，制定严厉的法律，增加肉刑、大辟，有凿顶、抽肋、镬烹之刑。尤其是军功爵制度，造成秦国贵族多怨。秦国公族赵良劝说商君积怨太深，宜归十五都，灌园于鄙、不贪商、于之富，不宠秦国之教，商鞅不听。前338年，秦孝公崩，惠文王即位，公子虔告商鞅谋反，商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，结果因未出示证件，店家害怕连坐不敢留宿，自是作法自毙；欲逃往魏国，魏人因商鞅曾背信攻破魏帅，亦不愿收留。后来商鞅回到商邑，发邑兵北出击郑国，秦国发兵讨之，杀鞅于郑国黾池，死后被秦惠王处车裂之刑于彤，灭商君之族。