紫肉甘薯的特点是淀粉少而蛋白质多，所以在甜度上会稍逊色于白肉甘薯和黄肉甘薯。与白肉和黄肉品种甘薯相比，紫薯的淀粉含量略微偏低，但是蛋白质含量较高（按干重算，是黄肉的2.3倍，白肉的6.6倍）。

紫肉甘薯含的抗氧化物质和微量元素更丰富。紫薯的紫色是因为其中的花青素含量较高，故而紫薯是一种丰富又廉价的花青素来源。花青素具有抗氧化、保护肝脏、改善肠道菌群等作用，对皮肤和眼睛的健康尤其有益。此外，和白色、黄色的甘薯相比，紫薯黄酮和多酚的总含量显著高于白肉与黄肉品种。