FAT16、FAT32、NTFS是目前最常见的三种文件系统。

FAT16：以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系统，现在常用的Windows98等系统均支持FAT16文件系统。它最大可以管理大到2GB的分区，但每个分区最多只能有65525个簇；

FAT32：随着大容量硬盘的出现，从Windows98开始，FAT32开始流行，它是FAT16的增强版本，可以支持2T的分区，FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间；

NTFS：微软WindowsNT内核的系列操作系统支的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小，簇尺寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能，此外，NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。