马丁·路德的主要思想如下：

1.因信称义，信徒可以由于信仰而直接成为义人。

2.信徒拥有自我理解《圣经》的权利，反对罗马教廷的说教。

3.《圣经》具有最高权威，反对教皇的最高权威。

4.简化宗教仪式，革除天主教的繁文缛节。

5.教会的组织形式与个人的得救无关，故主教制，长老制和公理制都可采用。

加尔文的主要思想如下：

1.先定论，即认为上帝在创世以前，预先选定一些人得救，决定另一些人沉沦，这是加尔文神学体系的基石。

2.政权是上帝按其神圣意志所任命的，政权要为人民造福，捍卫纯正的教义和教会。

3.强调教会自治的原则。

4.主张洗礼与圣餐礼需要由教会主持。

5.强调《圣经》的至高无上性。