1.根据直接参与污染物生物降解和转化的生物类型有广义和狭义之分，广义生物修复中直接参与污染物生物降解和转化的生物类型包括微生物、植物和动物；狭义生物修复中直接参与污染物生物降解和转化的生物类型是微生物，因为无论是有机污染物还是无机污染物的降解和转化，微生物都起了重要作用。

2.根据人为干预与否有生物自净功能生物修复和强化生物净化功能生物修复之分，生物自净功能生物修复，主要指生物在污染环境中的生物自净作用，这一生物修复过程的速度与生物本身的自净能力和受污染环境的环境要素有关，强化生物净化功能生物修复，系指人为因素强化受污染环境的理化性质和生物降解性能，加快受污染环境的改善甚至恢复的速度。

3. 根据实施的场所不同有原位生物修复和易位生物修复之分，必要时原位生物修复和易位生物修复联合起作用，养殖水域环境由于其特殊性在进行污染生物修复时常采用原位生物修复。