在中国历史上，最早是元朝将西藏地方正式纳入中国中央政府的直接管辖之下。并设立管理西藏事务的中央机构宣政院，负责掌管全国佛教事务及西藏等地的军政事务。宣政院主管官员一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。

明朝时期，建立了别具特色的僧官封授制度。由各地有代表性的政教首领人物，明朝均赐封以不同的名号，颁给他们印章和封浩，命其管理各自的地方，其职位的承袭须经皇帝批准，皆可直通名号于天子。

清朝时期，雍正皇帝正式设立驻藏大臣处理西藏事务。并调整西藏地方的政教管理体制，赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号，并确定了金瓶掣签制度，确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则。