体、智、德、美和谐发展的教育方针思想。他认为：普通教育的目的在于“养成健全的人格”。这种教育内分四育：“体育”，“智育”，“德育"，"美育"。这四育是一样重要，不可放松一项。思想自由、兼容并包的高等教育思想。他说：“学与术可分为二个名词，学为学理，术为应用。各国大学中所有科目，如工商，如法律，如医学，非但研求学理，并且讲适用，都是术。纯粹的科学与哲学，就是学。学必借术以应用，术必以学为基础，两者并进始可。尚自然、展个性的教育思想。蔡元培认为教育要顺应受教育者身心发展的实际，指出“守成法”与“尚自然”、“求划一”与“展个性”是新旧教育的分水岭。为此，提倡教育科学的实验研究要摈弃注入式教学方法，强调用启发式进行教学，特别是学生自动、自学、自己研究的方法。