在16～17世纪,以哥白尼的“日心说”为代表,初步形成了与中世纪神学与经验哲学完全不同的新兴科学体系,标志着近代科学的诞生。尼古拉·哥白尼（1473—1543年）是文艺复兴时期的波兰天文学家、数学家、教会法博士、神父。

在哥白尼40岁时，他提出了日心说否定了教会的权威改变了人类对自然对自身的看法，当时罗马天主教廷错误认为他的日心说违反《圣经》。但哥白尼仍坚信日心说，并认为日心说与圣经没有矛盾，并经过长年的观察和计算完成他的伟大著作《天体运行论》。1533年，60岁的哥白尼在罗马做了一系列的讲演，但直到他临近古稀之年才终于决定将它出版。1543年5月24日哥白尼去世的那一天出版商才收到出版寄来的一部他写的书。哥白尼的“日心说”沉重地打击了教会的宇宙观，这是唯物主义和唯心主义斗争的伟大胜利。后经开普勒、伽利略,特别是牛顿为代表的一大批科学家的推动，建立了近代自然科学体系。